Oddzielne aplikacje operacyjne przeznaczone są dla alternatywnych beneficjentów: mikro, niedużych, średnich bądź niemałych zakładów, dla jednostek samorządu terytorialnego, instytucji naukowych, szkoleniowych, uczelni, instytucji otoczenia biznesu i wielu innych.
W obecnej perspektywie dystrybucji środków unijnych największy nacisk kładzie się tymczasem na umożliwienie rozwoju zakładów i wzrost ich konkurencyjności.
Toteż na tym sektorze unijnego wsparcia obecnie się skupimy. Największym błędem jest założenie, iż standardowo chcemy zdobyć środki z UE. Dofinansowanie nie jest przepisem na zagwarantowanie zastrzyku środków finansowych, jednakże ma przydać się w wykonywaniu założonych celów. Przeto najistotniejsze jest określenie konieczności rozwojowych i inwestycyjnych, które powinny być zgodne z celami unijnych programów pomocowych.